A Embrapa Gado de Leite tem a sua sede em Juiz de Fora, localizada no Bairro Dom Bosco, na Rua Eugênio do Nascimento, 610. A Sede abriga os laboratórios de Análise de Alimentos, Bioinformática e Genômica Animal (LBGA), Biotecnologia e Fisiologia Vegetal, Cromatografia, Entomologia, Genética Molecular, Genética Vegetal, Microbiologia do Leite, Microbiologia do Rúmen, Nanotecnologia para Sanidade e Produção Animal, Parasitologia, Qualidade do Leite e Reprodução Animal. Além de uma biblioteca especializada, um auditório, as Áreas Administrativas, de Transferência de Tecnologia e a Chefia de Pesquisa e Desenvolvimento. 

A Embrapa Gado de Leite conta também com dois campos experimentais: o Campo Experimental José Henrique Bruschi - CEJHB, em Coronel Pacheco/MG, e o Campo Experimental Santa Mônica - CESM, em Valença/RJ. 
 

Na estrutura da Embrapa Gado de Leite está inserido o Nutre (Núcleo de Treinamento em Bovinocultura Leiteira Tropical), que tem como finalidade coordenar cursos, dias de campo, treinamentos e visitas técnicas para produtores, profissionais e estudantes ligados à bovinocultura leiteira.
Produtores, técnicos e estudantes, agendem aqui sua visita. Atualmente, os alojamentos do Nutre têm capacidade para receber até 30 hóspedes.