O Laboratório de Microbiologia do Leite conta com um banco de microrganismos que inclui patógenos dos animais e contaminantes dos produtos de origem animal. No primeiro grupo são incluídos microrganismos infecciosos que prejudicam a produção e acarretam prejuízos econômicos aos produtores. No segundo grupo encontram-se microrganismos deterioradores, que prejudicam a qualidade dos produtos. Dentre os microrganismos pertencentes a estes grupos, existem aqueles que podem causar doenças no homem e interferir com a segurança e qualidade dos alimentos. O Banco de Microrganismos foi organizado com a finalidade de se dispor de um grande número de estirpes, com informações sobre a origem, data de isolamento e história clínica, para serem usadas em estudos epidemiológicos, desenvolvimento de métodos para o diagnóstico e controle de doenças ou problemas relacionados à contaminação do leite. Estes estudos podem contribuir para o desenvolvimento ou avaliação de vacinas, métodos rápidos de diagnóstico, alternativas para o controle e tratamento de doenças infecciosas, controle de resistência aos antimicrobianos ou avaliação de disseminação de resistência entre patógenos de animais.