Para a pecuária tropical baseada no pastejo, a degradação da fibra e a produção de proteína microbiana são os fatores de garantia de baixos custos de produção. Além disso, a microbiota ruminal é responsável pelo uso eficiente de concentrados e, ainda, pela emissão de metano, que reduz a conversão alimentar. Portanto, o conhecimento gerado pelo estudo da ecologia microbiana ruminal permite a definição de estratégias de alimentação por programas de computador, baseadas não somente na composição química dos alimentos e nas exigências nutricionais dos bovinos, mas também no rendimento de biomassa microbiana no rúmen. Este rendimento pode ser avaliado tanto por contagens das diferentes populações quanto pelo efeito global na eficiência de síntese de proteína microbiana. O isolamento e a identificação de espécies de microrganismos tolerantes a polifenóis é uma linha de pesquisa cujo objetivo é a elaboração de estratégias de alimentação com leguminosas tropicais, visando ao aumento do suprimento de proteína a partir destas forrageiras e reduzindo o efeito antinutricional dos taninos pela manipulação da microbiota ruminal. Numa etapa inicial, as espécies tolerantes a taninos são isoladas e identificadas por meio de técnicas de filogenia molecular, em associação com o Laboratório de Genética Molecular, também da Embrapa Gado de Leite.